Il 29 settembre 1227 nella Cattedrale di Bitonto Papa Gregorio IX scomunica l’imperatore tedesco Federico II di Svevia non credendo completamente alla malattia dell’Imperatore che – partito per la sesta Crociata in ottemperanza ad un patto con Papa Onorio III – sbarca a Otranto rinunciando all’impresa e alla parola data. La scomunica, tuttavia, non è seguita dalla deposizione, perché l’autorità di Federico II è notevole. Il fatto comunque suscita malumore tra molti sovrani europei. Federico II intanto si reca a Pozzuoli per rimettersi in salute e nel dicembre 1227 risponde al pontefice che entro il maggio 1228 avrebbe avviato la crociata; ma il Papa, non credendo alle sue dichiarazioni, ribadisce la scomunica per l’inadempienza del trattato stipulato con il precedente pontefice.