Il 9 maggio 1909 a Roma il l parlamento approva il R.D. n. 373, con il quale “È istituito in Grecia, con sede in Atene, un Istituto Italiano di Archeologia col nome di “R. Scuola Archeologica Italiana di Atene” (G.U. 30 giugno 1909, n. 151), che va a sostituire la precedente Missione Archeologica Italiana di Creta istituita dieci anni prima. Il primo direttore è un allievo di Halberr, Luigi Pernier. I primi lavori della Scuola si concentrano ovviamente su Creta, e soprattutto su Gortyna, Priniàs, Festòs e Haghia Triada. Dopo il primo conflitto mondiale, il nuovo direttore della Scuola, lo storico dell’arte Alessandro Della Seta, inaugura una nuova stagione dell’impegno italiano nell’Egeo, con l’apertura dei nuovi cantieri di scavo sull’isola di Lemno. Dopo il periodo della II Guerra Mondiale, segnato dalla rimozione di Della Seta perché ebreo, e dall’arresto del successore Luciano Laurenzi da parte dei tedeschi, la Scuola riprende e continuano gli scavi al grande palazzo minoico di Festòs e si conducono indagini a Iasos (Turchia).