Il 17 maggio 1809 a Vienna (Austria) Napoleone I stabilisce l’annessione di Roma e dell’Umbria all’Impero. Alle giuste rimostranze del Papa, con la scomunica dei depredatori di Pietro, si risponde dando l’assalto al Quirinale e internando Pio VII per 3 anni a Savona. Il 2 febbraio 1808 Roma viene occupata dal generale Miollis e il papa viene fatto prigioniero nell palazzo del Quirinale. Questo gesto è frutto del deteriorarsi dei rapporti tra Pio VII e Napoleone in quanto entrambe le parti cercano di tirare i dettami del concordato a loro favore ma soprattutto Napoleone ha ormai ridotto lo Stato Pontificio a un mero ricordo della precedente estensione territoriale.